Значительным явлением для Коми АССР в годы Великой Отечественной войны стала эвакуация Карело-Финского университета из Петрозаводска и функционирование его в стенах Коми пединститута.
Карело-Финский университет в Петрозаводске был организован на базе Карельского педагогического института 10 июня 1940 г. В августе 1941 г., когда фронт приблизился к городу и над ним нависла угроза, вуз был эвакуирован в Сыктывкар.
Студенты в целях спасения университетского имущества вместе с преподавателями упаковывали и грузили в вагоны и на баржу ценное оборудование, приборы, учебники. Руководство и трудящиеся Коми республики создали все необходимые условия для продолжения работы карельского университета, который расположился в здании Коми пединститута. Несмотря на трудности, пединститут оказал ему большую помощь, предоставил ему свои аудитории, лаборатории, общежитие и библиотечный фонд, что позволило коллективу университета начать учебный процесс. 27 октября 1941 г. ректор Карело-Финского университета К.Д. Митропольский был утвержден директором Коми пединститута и руководил сразу двумя вузами до 15 июля 1943 г.
Много важных и неотложных дел пришлось решать директору двух вузов в то трудное военное время. Это вопросы об экономном расходовании дров и электроэнергии, о сборе средств на колонну танков и эскадрильи самолетов для Красной Армии, об организации обучения студентов сельскохозяйственному производству, о направлении студентов на сплавные работы. Но главной задачей руководителя двух высших учебных заведений являлась организация учебного процесса. Нелегко было и студентам, которые трудились на тяжелых сплавных работах, разгрузке барж, на уборке овощей, корчевании леса, обработке полей, промышленных предприятиях, в госпиталях. Студенты геологического факультета выезжали в экспедиции на Северный Урал по изысканию полезных ископаемых.
В университете издавались монографии, учебники и методические пособия для школ, проходила защита диссертаций. К концу первого семестра 1941-42 учебного года в вузе обучалось 79 студентов, а к началу 1943 г. уже 201 студент. За 1942-45 гг. было выпущено 65 специалистов.
В своих воспоминаниях об учебе в Коми пединституте Р.П. Молодцова пишет: «В годы войны два года мы учились вместе со студентами Карело-Финского университета. Все общие мероприятия – собрания, вечера, спортивные соревнования – проводились совместно. Сотрудничество двух высших учебных заведений обогащало нашу духовную жизнь». Еще одна бывшая студентка Коми пединститута Г.В. Капина рассказывает, что преподаватели пединститута и Карело-Финского университета работали добросовестно, жили в трудных условиях, в общежитиях вместе со студентами, в одной комнате по 5-7 человек.
В июле 1944 года, после освобождения Петрозаводска, Константин Дмитриевич, вместе с семьями сотрудников и студентами, вернулся из Сыктывкара в карельскую столицу. В период оккупации здание Карело-Финского университета представляло собой груду развалин: погибла библиотека, было уничтожено оставшееся оборудование. Начались работы по восстановлению и развитию университета.
